専ブラでわざわざ無効化しないかぎり
未知のクッキーだろうとクッキー標準の方法で問題なく扱われるはず
というような話を専ブラのスレで見た（Live5chだったか）

問題はWebブラウザとクッキー連携できず
Webページでの確認・操作ができない場合があること
に移ってるんじゃなかろうか